舟山的社组织是在已故老主委宋镇圻的积极组织下建立的。1986年4月，九三学社浙江水产学院支社成立。这是全市第一个民主党派基层组织。1987年6月5日，九三学社舟山市第一次全体社员大会召开，选举产生了第一届委员会。这也是舟山第一个民主党派市级委员会，当时只有3个支社56人。历任主委为宋镇圻、宋海棠、张昌义。现七届社市委委员13名，主委方维，副主委余华安、杨莺莺、陈康翔。

目前，社市委设有参政议政工作委员会、社会服务工作委员会、老龄工作委员会、妇女工作委员会、青年工作委员会、理论研究小组，拥有九舟医疗诊所，下辖8个支社，分别为浙江海洋大学支社、浙江国际海运职业技术学院支社、舟山医院支社、浙江省海洋水产研究所支社（以上四个为单位支社）、科技支社（属行业性综合支社）、普陀支社、定海支社、新城支社（以上三个为区域性综合支社）。

截止到2018年底，全市共有社员204人，平均年龄54.55岁，其中高级职称105人（含正高25人），中级职称77人，中高级职称占比89.2%。科技、高教、医卫界共122人，主体界别占比59.8%。先后有4人获国务院特殊津贴，15人次获舟山市有突出贡献的优秀专业技术人才和专业技术拔尖人才称号，获国家科技进步奖5项（科研成果1项），省部级科技进步奖52项。

在政治安排上，现有省人大代表1名、省政协委员1名、市人大代表5名（其中常委1名），市政协委员14名（其中常委5名）；区人大代表5名（其中区人大副主任1名），区政协委员14名（其中区政协副主席和常委各1名）；各级特约人员13名。另有，社省委委员2名。

多年来，九三学社舟山市委员会在九三学社浙江省委和中共舟山市委的领导下，围绕地方经济社会发展，发挥自身优势，认真建言献策、广泛开展社会服务，作出了积极的贡献。今后将继续以中国特色社会主义理论为指导，弘扬爱国、民主、科学精神，团结带领全市各级社组织和广大社员，为实现中国梦，建成浙江（舟山）自由贸易港区和海上花园城市而不懈奋斗。

社市委主办刊物为内部发行的《舟山九三》。2017年开通微信公众号“舟山九三”，欢迎关注！