目前，舟山本岛饮用水来自28座饮用水库（总库容5680万立方米）、大陆引水（一期、二期工程年引水能力分别为2160万立方米和6633万立方米，2015年实际引水3908万立方米）和河道翻水（2015年9座抽水泵站实际翻河道水入库1209万立方米，其中直接供应水厂756万立方米），已能基本满足当前供水的需求。经过“五水共治”，饮用水水质有了进一步提高，但与保障广大居民健康的要求相比，还有不少距离。根据2015年舟山本岛33座水库水质监测结果，Ⅲ类水质达标率较低，多数水库水质长期为Ⅳ类、Ⅴ类。此外，饮用水深度处理也尚未普及。
目前，饮用水安全方面仍然存在的问题及原因主要有：
1、大陆引水水源保护形势不容乐观。随着浙东引水工程的落地，宁波市已调整饮用水源地，不再将姚江列入主要饮用水源，虽然2014年在全省调整水环境功能区时，经市政府积极要求和省里支持，姚江仍作为一级保护区，但宁波的实际重视程度很可能会削弱。而对舟山来说，随着大陆引水一、二期工程的竣工运行和三期工程开工建设，宁波姚江已成为重要的饮用水源地，从水源上讲姚江已是宁波舟山两地市的跨界河流，保护力度亟待加强。
2、饮用水库上游污染源多的状况尚未根本改变。虽然上游绝大部分居民生活污水已纳管，畜禽养殖场也已关闭，但仍有许多污染源威胁着饮用水库的水质：一是生活污染。一些水库上游居民对饮用水源保护意识淡薄，生活习惯不良，长期在水库上游溪流洗涤及乱倒垃圾；个别分散农户的生活污水还尚未纳管。二是农业面源污染。少数水库上游还有零星畜禽养殖存在；许多农田使用农药、化肥、畜禽粪便等，其残留通过雨水带入水库。三是库底长期淤积。饮用水库多年没有清淤，淤积严重，水质呈富营养化。四是开发建设污染。在开通交通道路中开挖山体，造成水土流失；库区内农家乐、游泳、垂钓、野外烧烤等大量人类活动影响水源质量；车流和人员的往来也会污染水源。
3、翻水入库原水存在污染风险。河道翻水已是我市饮用水源的重要补充，但河道周边和上游仍不同程度存在农业面源污染，工业废水、个别生活污水直接排入河道和村民洗衣洗菜等现象依然存在。不经技术处理、不经水质检测就直接翻水入库，对原水安全带来较大风险。
4、定海虹桥水厂饮用水深度处理工程进展滞缓。目前，新城、普陀城区居民都喝上了深度处理水，反映良好，但定海虹桥水厂饮用水深度处理改造工程因种种原因至今还没有完成。对此，人口最多的定海城区老百姓喝不上“好水”，感到不公平。
5、市民对现行饮用水质监管机制不满意。虽然供水企业也对出厂水质进行了监测，并公布了结果，但既是运动员又是裁判员，很难让市民放心。
为此，特提以下几点建议：
1、争取省和宁波支持，切实加大姚江水源的保护力度。2015年舟山从姚江引水已占全市供水量的26.1%，今后随着经济的发展和人民生活水平的改善，大陆引水量及其比重还将逐步提高，姚江已成为舟山不可或缺的重要水源地。因此，要积极争取省和宁波支持：一是将姚江列为流经两地市的跨界河流。由宁波、舟山共同商定姚江作为饮用水源地的地位。二是建立姚江水源地保护协作机制。由省级领导担任河长，省水利厅牵头，宁波、舟山相关部门参加，定期检查保护情况，及时研究解决存在问题，切实加强保护和监管，严格执法。三是建立舟山大陆引水工程包括姚江取水口突发事故应急处置预案。加强对姚江取水口水质的日常监测，并及时向省里和宁波、舟山通报监测结果，确保引水安全。四是加强法律监督和民主监督。以省人大、省政协名义，每隔二、三年组织驻舟省人大代表、省政协委员对姚江水源地进行督查、视察，促使当地政府更好保护姚江水源。
2、加大政府投入力度，有计划迁移重要库区居民。减少饮用水库上游人类活动是改善库区环境、提高原水质量的治本之策。建议政府痛下决心，加大投入，根据财力分期分批迁移库区居民。一是尽快制定切实可行的迁移计划。在具体步骤上，实行弃农居民、生活污水未纳管的居民和申请翻新、新建和扩建房屋的居民优先搬迁。二是堵疏结合。既要冻结饮用水库上游居民建房，又要给予一定出路。制订库区房屋及宅基地置换优惠政策，由政府协调在水库下游建设相对集中的移民小区或新型集聚小区，实行新房与库区老房优惠置换；对弃农居民，收回库区老房，同时发放相当于置换房优惠的财政补助，资助其到城区买房落户，从事其他产业。
3、针对饮用水源的污染问题，切实开展专项综合治理。对舟山本岛主要饮用水库和库区人口多、面源污染严重的饮用水库，进一步开展专项治理行动。一是加强宣传教育。增强库区干部群众环保意识和大局观念，积极支持配合综合整治。二是转变生活习惯。严格实施生活污水全部纳管，全面推行生活垃圾“应收尽收”和分类收集处理。三是转变生产方式。设立专项经费，落实生态补偿，对库区居民发展林业等绿色产业和生态循环农业进行财政补贴，加快退耕还林，涵养水源；鼓励土地流转，实现规模化经营；大力推广测土配方施肥、商品有机肥和“三低一高”绿色农药，降低肥药用量和农药毒性。四是实行定期清淤。对库底淤积严重的展茅平地、岑港、蚂蝗山、金林、白泉岭下等水库要尽快进行淤泥清理。同时推广生态护岸技术，打造生态水库，提高自净能力。五是加强执法监管。尽快以地方立法的形式强化饮用水源地的保护。同时，加强部门协作和综合协调，严格监管，铁腕执法，严肃处理水源污染事件。
4、加强翻水入库河道周边环境整治，守住河道翻水的质量标准。一是明确保护区域。将翻水流域也列入饮用水源保护区范围，并设立地理界标和警示标志，加以严格保护和监管。二是加大“清河净水”力度。在巩固深化白泉、双桥两大流域治理的同时，加大对其他五个流域的整治力度，进一步提升河道水质。三是制订和实施科学合理的翻水入库方案。兴建临时过渡性的沉淀池，先将河水抽到池内通过一段时间沉淀、净化，经水质检测，确认已基本达标后，再翻水到饮用水库。
5、加强水质监测，加快定海虹桥水厂饮用水深度处理工程进度。在供水企业加强出厂水质检测的同时，为确保饮用水质量并提高社会公信力，建议以政府购买服务的形式，委托第三方监测机构对舟山本岛饮用水库水质和供水企业出厂饮用水质量，进行定期监测和不定期抽测，并通过媒体公布监测结果，接受群众监督。加快定海虹桥水厂饮用水深度处理改造工程进度，尽快为定海居民供应深度处理水，让老百姓真正喝上“放心水”。