在市领导和有关部门的重视和关心下，“舟山黄牛”保护工作取得了初步成效。2012年9月在定海马岙三星社区成立舟山市“舟山黄牛”保护所（民营），尝试集中保护“舟山黄牛”。通过收集、繁殖等措施，纯种“舟山黄牛”从最初的8头发展到如今的44头，其中有繁育能力的30头，小牛犊14头；建有牛舍300平方米，管理用房100平方米；租用农地150亩，建成放牧场，建立饲料基地30亩；饲养员3人。但是，“舟山黄牛”保护工作仍存在一些问题，主要是：保护工作虽由政府牵头，召开了二次协商会，达成了共识，但并未出台正式文件，也未与承担具体工作的“舟山黄牛”保护所签订合同或协议。现在，这些问题的后遗症逐渐显现，保护工作进行了近三年，有关方面的承诺却未得到落实，特别是资金缺口较大。“舟山黄牛”保护所三年共投资140万元，其中市补助10万元，省项目经费30万元，其余100万元是自筹和贷款解决。按照市政府二次协调会议精神和农林部门的保护意见，到2016年“舟山黄牛”保护总量要求达到60头的目标（其中公牛10头，母牛50头）。每年尚需投入资金35万元（包括租地费用12万元，饲养员工资7万元，种子、化肥3万元，饲料4万元，还贷利息6万元，小工工资及其他费用3万元）。保护经费不到位势必影响“舟山黄牛”持续保护工作。

为了将“舟山黄牛”长期保护下去，特建议：

   1.尽快签订保护协议。保护“舟山黄牛”主要是地方政府的职责，为了把这一工作做好，建议由市农林部门代表政府与保护单位即“舟山黄牛”保护所正式签订合同或协议，以保障“舟山黄牛”保护工作在法律保护下顺利进行，避免因人事变动而生出变故。

2.将“舟山黄牛”保护补助经费（包括选优复壮）列入每年财政预算，按合同或协议拨给保护单位。具体保护工作分三个阶段：①2013-2016年为绝对保护阶段，2016年达到保护目标60头，政府每年补助资金30万元（其中保护补助20万元，选优复壮经费10万元）；②2017-2020年为保护过渡期，每年补助选优复壮经费10万元；③2020年后保护单位以开发促保护，政府不再安排补助经费。

3.政府有关部门应对“舟山黄牛”保护单位提出具体保护要求，同时加强对保护工作的关心、指导和管理、监督，建立相应的奖罚制度，使“舟山黄牛”真正得到长期有效保护。