自“八五”开始，农业部对海洋捕捞船数和马力（或功率）实行总量控制（简称“双控”）制度已达20多年，对控制海洋捕捞强度增加，延缓渔业资源衰退发挥了重要作用，但随着渔业经营体制的改变、先进科技的应用、燃油补贴的发放，也产生了不少新问题：
1、控船已失去意义，控马力配套政策不尽合理。由于沿海地区先富的缘故，浙江本地渔民的下一代下海捕鱼日趋减少，加上船网工具大型化，在控马力的前提下再控船数已失去必要性。如舟山市国内捕捞渔船2014年比1999年减少近3000艘，15年下降31.93%。同时，随着渔场外移和生产工具大型化，许多小船要换成大船，但控马力的配套政策却多年不调整，既滞后于形势，也不够公平合理。一是船只大小调换时，马力指标调换存在不平等待遇。当拆小（船）建大（船）时，渔民可购入马力指标进行拼盘，但拆大（船）建小（船）时，一艘大船马力指标只能抵作一艘小船马力指标，即拆一建一，多出的马力指标要被无偿收回，渔民因要白白浪费马力指标而难以接受，也就不可能推行。二是有些渔船主机经过多年运行要更换，但遇到厂家已停止生产原主机机型甚至已关闭，拟换成目前在生产的最接近原主机马力的机型时，却不容许，即使换小一点的也不容许。三是“一打三整治”中，当渔船主机实际马力超出捕捞许可证额定马力时，要实行“多休减捕”政策，增加伏休期一至三个月不等，且具体起止时间由船主自行决定，导致休渔时间会千差万别，管理部门很难监管。
2、马力指标配置缺少调控机制，投资属性过强和内、外海不匹配。对渔民来说，马力指标配额近似于农民的承包土地，属于命根子。随着渔业资源的变化，肯定需要随时调整马力指标的配置，但制度设计上却存在调控机制缺失，无法有条件收回马力指标，管理部门即使想调整也要做通双方思想工作或花钱购入马力指标，显得勉为其难，只能让市场因素来调控。由于马力指标自由流转，加上鼓励渔民造大船、闯外洋，马力指标正逐渐向资本经营者和生产力高的大船等强势群体集中。特别是在按马力指标发放国家燃油补贴的情况下，更加剧了资本经营的投资属性。目前每千瓦功率（1000马力等于735千瓦）指标流转价格已达6000～7000元，一些资本经营者就瞄准拿国家燃油补贴高价收购捕捞渔船及其马力指标，再转租给他人经营。这也造成马力指标的内、外海和作业类型配置比例失调。有的地区如舟山市“三无”渔船都集中在沿岸作业，60马力以下小船普遍缺乏马力指标，而这些小船的用工人员又却却都是本地老弱生计渔民（50～60岁）。其中岱山没有一艘沿岸小船有马力指标，结果“三无”渔船一打击还影响到本地“菜篮子”和旅游事业。
3、对非渔劳力下海捕鱼缺乏限制，挤压了生计渔民和生计渔业。人是最重要的生产要素，在海洋捕捞强度大于渔业资源再生能力，需要坚决限制的情况下，虽对本地渔民进行转产转业，但对低门槛的捕鱼行业不同时设限，严格控制非渔劳力下海捕鱼，其效果就会大打折扣。本地渔民腾空出来的捕鱼岗位就有可能“鹊巢鸠占”，由廉价且肯吃苦的内地非渔劳力来补缺。事实上也恰恰如此，如舟山市从本世纪初转产转业渔民以来，国内渔场本地渔民下海劳力已减少3000多人，而外地非渔捕捞劳力却增加12700多人，翻了近两番。其结果实际下海捕捞劳力越控越多，还挤压了本地生计渔民和生计渔业，也造成这次“一打三整治”打击的多为本地生计渔民，而应限制的工商资本经营的大船和外来渔业船员却影响不大。
为此，建议国家进行重大改革，调整海洋捕捞“双控”制度，废止控制船数，试行新的“双控”（控制非渔劳力下海数量、控制马力数量）制度，同时尽快调整完善相关配套政策：
1、对非渔劳力下海捕鱼进行总量控制和船上用工量最高比例限制，遏制商业性捕捞的发展。海洋捕捞属于一种资源猎捕行为，在捕捞强度超过资源再生能力、渔业资源日趋衰减的情况下，控制下海捕鱼人数等于控制生产要素。目前，沿海渔民下海劳力数量正逐渐下降，只要控制了非渔劳力下海就等于控制了捕捞劳力。建议根据渔业资源承受能力和非渔劳力下海现状，全国一盘棋，对非渔劳力下海捕鱼进行总量控制（正宗渔民发放渔民证加以区别），推行用工配额管理制，同时设立捕捞渔船非渔劳力用工量最高比例限制。每隔若干年根据渔业资源和渔业劳力的弃渔现状进行微调，这也有利于渔业安全生产。
2、建立有条件收回马力指标的调控机制，及时调整近、外海及各种作业类型的马力指标配置比例。建议重新进行制度设计，参照农民承包土地办法，每20～30年按渔民户籍人口重新分配一次马力指标，尽量给生计渔民所用，且最好容许市（县、区）一级渔业行政部门保留极少量的机动指标，便于调整。同时修改相关渔业法规，对多次严重违规违法生产、情节恶劣酿成重大涉外事件、船主属于非渔劳力且达到法定退休年龄的，宜吊销其马力指标，保障管理部门随时有适当调控权。并根据近、外海渔场（以禁渔线为界）之划分，重新配置近、外海的马力指标比例，并区别对待各种作业类型，对拖网、帆涨网等资源杀伤力大的作业宜紧不宜宽，对钓、流等资源杀伤力小的作业宜宽不宜紧。同时给各级各地有一个可上下浮动调整的比例范围，促使近、外海渔船都有相应的马力指标，布局合理。
3、适当限制马力指标跨行业和跨行政区域的流转，尽快调整完善控马力的配套政策。建议今后不准马力指标向非渔劳力的船主流转，近海渔船的马力指标只能在同一地市流转，外海渔船的马力指标只能在同一省份内流转，减少市场流通，遏制投资属性，尽量为生计渔业所用，防止向不经营实体的资本经营者集中。同时，要加强控马力的可操作性，提高合理性，尽快调整完善配套政策，容许渔民淘汰一艘大马力老旧渔船并拆分马力指标，用于建造若干艘小马力渔船；当原主机机型已淘汰，厂家停止生产时，充许渔民更换主机时可选用最接近原主机马力的机型，即使功率稍大一点（控制一定额度）也无需增配马力指标；对渔船主机实际马力超出捕捞许可证马力指标的，建议废止“多休减捕”政策，按提前报废、超额部分等比例减少渔船使用年限（即超多少比例减相应比例使用年限）的办法实施。